Cuando un vuelo internacional aterriza en el Aeropuerto Logan de Boston, la agente especial del FBI, Olivia Dunham es llamada a investigar el caso como parte de una fuerza especial formada por agentes procedentes de varias agencias gubernamentales. La investigación conduce a una corporación multimillonaria, que a pesar de la ausencia de pruebas parece estar detrás de lo sucedido y que lleva a Olivia a descubrir que lo que pasó con el vuelo 627 es sólo una pequeña pieza de una verdad mucho más importante e impactante.