John Crichton es un astronauta de la Tierra que intenta probar con una pequeña nave llamada Farscape una nueva teoría física. El experimento crea un agujero electromagnético por el que la nave es absorbida y expulsada al otro extremo de la galaxia. Por desgracia Crichton aparece justo en medio de una batalla espacial y mata, sin querer, al hermano del jefe “Pacificador” Bailar Crais quien jura tomar venganza.

En su huida el Comandante Crichton es atraído por la nave Moya, habitada por un grupo de alienígenas convictos que escapan de la fuerza dictatorial de los “Pacificadores"