Rokujo Miharu es un chico adolescente cuyo único deseo es heredar el restaurante Okonomiyaki y llevar una vida normal. Su mayor preocupación es ir descubriendo las distintas caras del mundo, unas normales y corrientes y otras secretas.

Rojuko conoce el mundo Nabari, es una realidad paralela, oculta en la verdadera realidad. Rojuko se encuentra aislado en su propio mundo, de forma apática y sin interés manteniéndose al margen de sus compañeros de instituto.

El profesor de Miharu intenta acercarse a él y forjar una amistad invitándolo a formar parte del club de Ninjas (del que se burla toda la escuela). Su profesor le advierte de un peligro que se hace realidad, Miharu esconde en su interior un arma de conocimiento muy poderosa (Shinrabansho) por lo cual sufre un ataque del clan Kairoshu para obtenerla.