Una chica estudiante de instituto (Hitomi Kanzaki) sufre una visión en la que aparece un joven peleando con un dragón. La visión se transforma en realidad y nada vuelve a ser como antes para Hitomi. Es absorbida a otra dimensión junto con Van, el guerrero que luchaba contra el dragón, la otra dimensión es el mundo de Gaia.

Van dispone de un arma: Escaflowne, en la que deberá hacerse un maestro de su manejo. Ambos son perseguidos por el Imperio Zaibach, encontrado aliados y adversarios en su objetivo de desentrañar los secretos que esconde Escaflowne.