Momiji Fujimiya es una estudiante Japonesa de secundaria con una vida normal y corriente. Un día, mientras iba hacia la escuela se encuentra con un chico con ojos de gato que la intenta asesinar llamándola “Kushinada”. Momiji es rescatada por dos oficiales del gobierno que disparan al hombre gato haciéndolo huir.
Intrigada por el intento de asesinato sin motivo aparente decide investigar descubriendo que Kushinada es el nombre de una antigua princesa con la habilidad de detener a los monstruos llamados Aragami.
Momiji recibe ataques cada vez más frecuentemente y es salvada por un joven con ojos de gato (Mamoru Kusanagi), un Aragami renegado que ayuda y utiliza a Momiji para luchar contra sus antiguos maestros Aragami. Ambos se unen a la organización TAC para combatir a los Aragami e impedir que revivan al Dios Susanowo para purificar al mundo de la humanidad.