Han pasado ochenta años en la Tierra desde los acontecimientos de "Macross: ¿Recuerdas el Amor?". Los descendientes del conflicto Zentraedi/Meltrandi han establecido una nueva sociedad con la gente de la Tierra y el conflicto con los Zentraedi es sólo un vago recuerdo... Pero cuando los invasores alienígenas, identificados como los renegados Zentraedi, amenazan esta inestable alianza, la Fortaleza Dimensional Macrossdebe resucitar después de generaciones de inactividad para luchar conta las fuerzas enemigas. Hibiki Kanzaki, un reportero investigador para el Scramble News Network (SNN), es atrapado en medio de la batalla cuando sin querer se alía con Ishtar, una enigmática princesa Zentraedi. Alistado para ayudar a la enérgica piloto de Valkyrie Silvie Gema, Hibiki se apresura para salvar a Ishtar de una inminente "reprogramación" por parte de los hostiles Zentraedi. Silvie e Hibiki deben difundir la verdad sobre la invasión Zentraedi y convencer al poderoso complejo militar de las Naciones Unidas Espaciales para reactivar la fortaleza Macross y defender la Tierra una vez más.