Gunslinger Girl es la historia de un grupo de chicas sometidas a un lavado de cerebro por una conocida compañía por el bienestar sin ánimo de lucro. Son unas chicas sin pasado, sin familia y sin destino complementadas con cuerpos cibernéticos para ser unas eficaces máquinas de matar.
Sus actos no les provocan ningún tipo de remordimiento ni les tiembla el pulso a la hora de apretar el gatillo. Tras su bella apariencia se esconde su negación a crecer y un gran conflicto interior.