En un futuro próximo, la humanidad esta dividida en dos razas. Por un lado los Naturales, humanos normales que habitan la tierra. Por otro los Coordinadores, humanos modificados genéticamente para poder habitar colonias espaciales.

Por motivos económicos y de creencias de superioridad, ambas razas terminan declarándose la guerra. Gundam Seed se desarrolla un año después del inicio de la guerra donde Kira Yamato, un estudiante de ingeniería se ve involucrado en el centro mismo de el conflicto.