Dos chicas están condenadas a compartir destino.

Margarette Barton es una chica joven de familia acomodada europea. Vive bajo una educación represiva en un entorno de libertad controlada con la compañía de su criada Elenor. Margarette sufrió un accidente aéreo hace 12 años que le provocó amnesia.

Madlax es una combatiente de élite, sin pasado conocido, sin edad conocida y sin otro nombre que su apodo se gana la vida combatiendo bajo el caos en países en guerra.