La Humanidad perdió dos terceras partes de su población debido a un desastre natural : el hielo del continente Antártico se derritió y apareció la Atlántida, la civilización desaparecida hace 12.000 años. Debido a esto, revivieron los Ángeles Caídos, una raza de seres alados que enviaron unas armas biomecánicas conocidas como Bestias Míticas a las ciudades para capturar a la gente y extraer la energía biológica Prana.

Los humanos excavaban en las profundidades del océano para encontrar las Máquinas Vectoriales, unas armas que se decía que eran capaces de vencer a los Ángeles Caídos. Estas máquinas se combinan y forman el Ángel Mecánico Aquarion.

Para pilotar el Aquerion hace falta una persona con la habilidad Elemento compatible con el sistema; por eso se reunió a adolescentes candidatos a ser pilotos.

Por fin, llegó el día en el que el Ángel Aquerion Mecánico apareció.