Una estudiante llamada Chisa Yomoda se suicida misteriosamente. Lain Ikawura era compañera de clase de esta chica, tiene catorce años y hasta ahora lleva una vida tranquila como estudiante.

Compañeras de clase de Chisa y Lain misma han recibido unos emails en los que Chisa explica que ha abandonado su cuerpo pero que sigue viviendo en la red. Lain amplia su ordenador con un circuito psyche y consigue un nuevo navi, cada vez dedica más tiempo a la red transformando su ser en dos personalidades distintas. ¿Quién es la verdadera Lain? ¿Puede la red afectar a la realidad y cumplir una profecía? ¿Cuál de los dos mundos es el real?