La historia comienza con Aono Tsukune, un chico de 15 años que asiste a la secundaria. Tsukune no obtuvo buenas calificaciones y se había resignado a repetir el año escolar. Al llegar a casa su mamá le entrega un extraño sobre. Según su padre, el sobre fue dejado por un misterioso sacerdote quien, casualmente, lo dejó caer mientras éste caminaba por la calle. De este modo Tsukune es inscrito para estudiar durante el verano en la Academia Youkai, un establecimiento distante para el cual, al parecer, sólo existe un bus escolar. De camino a la Academia el conductor del bus advierte a Tsukune que Youkai no es un lugar común. Para acceder a la Academia se debe atravesar un extraño túnel; Tsukune recibe una llamada pero la comunicación se corta en cuanto el bus atraviesa por el túnel.