32 años después de los sucesos de Gatekeepers, en pleno siglo XXI y ya exterminados para siempre los invasores. AEGIS es ahora una organización menor que mantiene la guardia por posible existencia de invasores e investiga el funcionamiento de la puerta interdimensional.

Un día en AEGIS se detectan enormes masas de infiltrados en la sociedad. Para solucionarlo se crea un nuevo grupo para cazar invasores siendo sus dos primeros miembros Ayane Isuzu y Miu Manduru.