Primera temporada

13 capítulos

Número	Título del Capítulo
1x01	La llamada del dragón
1x02	Valiente
1x03	La marca de Nimueh
1x04	La copa envenenada
1x05	Lancelot
1x06	El remedio que cura todos los males
1x07	Las puertas de Ávalon
1x08	El principio del fin
1x09	Escálibur
1x10	El momento de la verdad
1x11	El laberinto de Gedref
1x12	Matar al rey
1x13	La muerte de Arturo

Segunda temporada

14 capítulos

Número	Título del Capítulo
2x00	The real Merlin and Arthur (Documental)
2x01	The curse of Cornelius Sigan
2x02	The once and future queen
2x03	The nightmare begins
2x04	Lancelot and Guinevere
2x05	Beauty and the beast (1ª Parte)
2x06	Beauty and the beast (2ª Parte)
2x07	The witchfinder
2x08	The sins of the father
2x09	The lady of the lake
2x10	Sweet dreams
2x11	The witchs quickening
2x12	The fire of Idirsholas
2x13	The last dragonlord

13 capítulos

Número	Título del Capítulo
3x01	Las lágrimas de Uther Pendragon (1ª Parte)
3x02	Las lágrimas de Uther Pendragon (2ª Parte)
3x03	El oro del duende
3x04	Gwaine
3x05	La cueva de cristal
3x06	El cambio
3x07	El castillo de Fyrien
3x08	El ojo del Fénix
3x09	El amor en tiempos de dragones
3x10	Reina de corazones
3x11	La sombra del hechicero
3x12	La llegada de Arturo (1ª Parte)
3x13	La llegada de Arturo (2ª Parte)

13 capítulos

Número	Título del Capítulo
4x01	La hora más oscura de Merlín Parte 1
4x02	La hora más oscura de Merlín Parte 2
4x03	Aciago día
4x04	Aithusa
4x05	El hijo de su padre
4x06	Siervo de dos señores
4x07	El copartícipe secreto
4x08	Lamia
4x09	Lancelot del lago
4x10	Un heraldo de la nueva era
4x11	El corazón del cazador
4x12	La espada en la piedra parte 1
4x13	La espada en la piedra parte 2